Per conservar el patrimoni natural i fer una gestió i planificació efectives cal disposar d’informació científica i tècnica sobre l’estat de les espècies i els hàbitats. Això comporta conèixer la distribució, les tendències, les amenaces i les mesures de conservació de moltes espècies i hàbitats que són clau en el territori. Per donar resposta a aquest repte, l’Observatori mobilitza, analitza, integra i interpreta les dades que generen aquest coneixement en col·laboració amb els projectes de les institucions que hi participen.
Tota aquesta informació s’organitza en quatre grans eixos temàtics que aborden preguntes essencials per poder plantejar accions des de la societat i les administracions: