L’Observatori és un espai de diàleg entre la recerca, la gestió i l’elaboració de polítiques en l’àmbit del patrimoni natural i la biodiversitat, per tal que la presa de decisions pugui estar fonamentada en informació fiable i rigorosa des del punt de vista científic, i per promoure que la integració dels diferents àmbits de recerca pugui respondre a les necessitats de coneixement de la societat pel que fa a la gestió i la conservació de la natura.
Per aconseguir-ho, l’Observatori s’organitza de manera en què cada entitat membre proporciona dades, anàlisis i coneixement a partir dels seus projectes i participa en els debats científics i tècnics sobre les implicacions de la recerca en les iniciatives i funcions de l’Observatori.
El conjunt d’informació que obté i gestiona l’Observatori s’estructura en quatre eixos temàtics i quatre nivells de síntesi o àmbits d’actuació de l’esquema general d’una roda de decisions. La integració d’eixos temàtics i nivells de síntesi permet elaborar una taula on se situen cadascun dels projectes que formen part de l’Observatori.